冷战结束后，美国海军的军费也开始大幅度缩减，“衣阿华”级战列舰和几艘老航母退役，刚刚开始不久的“海狼”级核潜艇的建造项目也被取消，很多海外军事基地被关闭。但里根时代留下的庞大遗产仍然为美国海军在冷战结束后的局部战争中打好了基础。美国海军在 1991 年与伊拉克的海湾战争开始阶段发挥了重要作用，海军舰船发射了数百枚“战斧”巡航导弹，海军舰载机从波斯湾和红海的六艘航母上起飞，为撕开伊拉克大门作出了相当贡献。 1999 年，美国海军数百架舰载机和海军陆战队的战机从意大利的基地和亚得里亚海的航母上起飞，对塞尔维亚和科索沃的目标进行了数千架次飞行，最终南联盟军队撤离科索沃，科索沃在联合国托管下实行“高度自治”。