朱棣称帝后，小舅子徐辉祖拒绝臣服，将自己关在祠堂，跪在父亲徐达牌位前哭泣。朱棣大怒，对皇后徐氏说：“我是真想杀了你弟弟。”但最终，朱棣还是手下留情了。

徐辉祖的特殊地位，从出生起就已注定。他的父亲徐达是明太祖朱元璋的“布衣兄弟”，位列“开国六王”之首，被朱元璋誉为“万里长城”。徐达病逝后，长子徐辉祖袭爵魏国公，朱元璋对徐达后人的信任超过其他勋贵。徐辉祖成年后被授予“金书铁券”，享有免死特权，还被任命为中军都督府左都督，掌管京师宿卫，成为皇廷核心的军事力量。

徐辉祖的姐姐徐妙云是朱棣的结发妻子，两人成婚于洪武九年，彼时朱棣刚满17岁。这段婚姻是朱元璋精心安排的联姻，旨在通过徐达与朱棣的联盟巩固北方边防。作为“姐夫”的朱棣与“内弟”徐辉祖，早年就多有交集。洪武年间，朱棣就藩北平期间，徐辉祖曾多次奉旨前往北平协调军务，两人在军事部署上有过合作经历。这种既为亲属又为同僚的关系，本应是同盟的基石，却在靖难之役中裂变为生死对立。

朱元璋驾崩后，皇太孙朱允炆继位，推行削藩政策。当时朱棣的三个儿子朱高炽、朱高煦、朱高燧恰好留在南京，朝臣多主张将三人扣留作为人质，徐辉祖更是直言进谏：“朱高煦勇悍无赖，他日必为后患，不如留质以牵制燕王。”这一建议虽未被建文帝完全采纳，却已清晰表明他对朱棣势力的警惕。

靖难之役爆发后，建文帝并无多少军事人才可用，徐辉祖是为数不多能独当一面的军事将领。他深知朱棣孤军南下的致命弱点是后勤补给，因此多次率军袭击燕军粮道。建文三年冬，他在山东济宁伏击燕军运粮队，烧毁粮草数千石，迫使朱棣不得不暂缓南下计划。这种针对性的战术，让朱棣对这位内弟既忌惮又愤恨，在写给徐皇后的家书中曾抱怨“辉祖竖子，屡坏吾事”。

建文四年六月，燕军攻破南京金川门，建文帝下落不明，朱棣登基成为明成祖。当燕军涌入南京城时，满朝文武或投降或逃亡，徐辉祖却带着家眷退守魏国公府的祠堂，供奉着徐达的牌位和朱元璋赐予的免死铁券。朱棣派人传唤徐辉祖时，他“披麻戴孝，手持父像，坐于祠堂拒不出迎”，明确表达了抗拒。这种近乎挑衅的态度，让朱棣勃然大怒，当即下令将其囚禁。

当时负责审讯的御史陈瑛主张“辉祖谋危社稷，宜诛”，但朱棣犹豫不决，最终下旨：“辉祖虽叛逆，念中山王（徐达）功高，免其一死，革去爵位，幽禁私第。”被幽禁的徐辉祖，府邸被严密监视，不得与外界接触，昔日的魏国公府变成了一座华丽的牢笼。几年后，徐辉祖因郁郁成疾而死。

徐辉祖死后，朱棣的态度耐人寻味。他没有剥夺徐达的配享资格，也没有牵连徐氏家族其他成员，甚至在永乐十七年（1419年）让徐辉祖的长子徐钦袭爵魏国公。朱棣为何最终放过徐辉祖，善待其家人？首先，徐达的地位构成了第一道保护屏障。朱棣曾对亲信说：“朕若杀辉祖，何以对中山王在天之灵？何以对军中将士？”其次，徐皇后的从中斡旋起到了关键作用。靖难之役期间，徐皇后曾亲自登城督战，为北平保卫战立下大功。朱棣攻入南京后，徐皇后“披发徒跣，跪求于成祖前”，以“若杀吾兄，吾必不生”相谏。这种以死相逼的求情，对朱棣产生了重要影响。

还有一个重要原因，那就是徐辉祖的表现对得起朱家。他身为朱棣的小舅子，却为建文帝血战到底；身为勋贵之后，却甘愿放弃荣华富贵选择幽禁。清代史学家赵翼在《廿二史札记》中特别指出：“明初勋贵多能自保，然如辉祖者，拒成祖之命而守臣节，尤为难得。”在南京魏国公府遗址（今南京太平南路一带），曾有一块“忠节坊”，这是明中后期朝廷为纪念徐辉祖所立。坊上镌刻的“铁骨丹心”四字，或许正是这位靖难孤臣最恰当的历史注脚。