1949年，马呈祥拒绝参加新疆和平起义，张治中发报挽留他时，他却说：“我们在河西就打过共产党，积怨太深，他们不会原谅我们的！”
马呈祥说完这句话，把电报稿捏成一团，扔进了脚边的炭盆里。火苗窜起来，纸团很快蜷曲变黑，就像他此刻的心情。副官站在门口，没敢进来。窗外是迪化九月的风，已经带着凉意了，吹得院里的老杨树哗哗响。

这份顾虑不是凭空来的。十三年前西路军西渡黄河，要打通国际交通线，马步芳倾全省兵力围堵，年轻的马呈祥带着骑兵部队全程参战。古浪阻击、高台攻防几场硬仗打下来，红五军军长董振堂、政治部主任杨克明等多位红军将领牺牲，这段经历像块石头压了他十几年。如今解放军横扫西北，马家军主力全线溃败，他怎么可能不心慌。

彼时新疆的局面已经很明朗。兰州战役结束后，马步芳带着家眷财物飞去重庆，只剩马呈祥的骑兵第五军一万多人，孤悬在新疆。新疆警备总司令陶峙岳、省主席包尔汉一直在筹备和平起义，三番五次找他谈话，说打下去全疆百姓都要遭殃。远在北京的张治中也接连发报，凭着当年西北行辕的老交情劝他看清大势。

可马呈祥心里那道坎始终跨不过去。他不光自己拒绝起义，还暗地里联络七十八师师长叶成、一七九旅旅长罗恕人，密谋在9月下旬发动叛乱，先逮捕迪化的进步人士，再拉部队退到南疆继续顽抗。

这阴谋没等实施就破了局。陶峙岳和包尔汉早有察觉，特意安排了一场宴会，把马呈祥三人请过去赴宴。酒席从夜里一直拖到第二天天亮，三人全程被拖住，根本没机会和部队联络。等他们回到军部，底下的部署早就乱了套。

陶峙岳也没把事情做绝。他知道硬逼马呈祥起义，说不定反而激出兵变，索性给了他一条退路：愿意走就交出兵权，私产可以折价带走，护照和路费都由当局负责安排。马呈祥掂量了好几天，知道部队军心早就浮动，真打起来毫无胜算，最终咬咬牙答应了。

1949年9月24日凌晨，天刚蒙蒙亮，马呈祥把军务正式移交给整编第七旅旅长韩有文，带着家眷、特务连和六十多名亲信，拉着积攒多年的五千两左右黄金，悄悄离开了迪化老满城。他走后的第二天，陶峙岳就通电全国，宣布新疆和平起义。

出逃的路并不好走。一行人沿南疆公路往边境走，途中曾遭遇地方势力拦路索要财物，马呈祥人在矮檐下，只能破财消灾。为避开沿途的起义部队关卡，他后来改走帕米尔高原的古商道，想从边境山口出境去印度。那条路高寒缺氧，又赶上九月的风雪天气，随行人员吃了不少苦头，走了十多天才艰难出境。

等一行人辗转抵达印度加尔各答，早已疲惫不堪。马呈祥听说马步芳定居埃及，立刻赶过去投奔，可异国生活实在适应不了，待了不到一年就辗转去了台湾。

到台湾后，蒋介石只给了他一个澎湖防卫部副司令的虚职，没兵没权，再无当年在西北的风光。他就这么守着闲职过完了余生，再也没能回到故土。而他当年留在新疆的骑五军，大多跟着韩有文参加了起义，后来编入解放军序列，成了建设新疆、保卫边防的重要力量。

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